Struktur organisasi Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Muara Enim meliputi Subbagian Tata Usaha, Seksi Lalu Lintas dan Izin Tinggal Keimigrasian, Seksi Teknologi Informasi dan Komunikasi Keimigrasian, Seksi Intelijen dan Penindakan Keimigrasian.